McGee e Bishop viajam para o Afeganistão depois que um caso de assassinato nos Estados Unidos está ligado a uma série de soldados mortos por fogo amigo no exterior.
Duas décadas depois do devastador ataque alienígena do Dia da Independência, a Terra encontra um novo problema extra-terrestre. Para enfrentá-lo, uma nova geração de pilotos é convocada.
Um incansável caçador de recompensas recebe uma nova incumbência: ir para a selva brasileira e achar o filho de um mafioso. Mas o interesse numa peça de ouro e as ações de um ambicioso homem da região atrapalham seus planos.